que significa Ordenar las medidas necesarias para la restitución de la realidad física alterada ?¿que ocurre a partir de ahi?

Pues que hay que proceder a ejecutar lo que diga la resolución, si estás conforme.

Si no lo estás, alegar en el correspondiente recurso el porqué de tu disconformidad.

la realidad física es la situación en que se encontraba la cosa antes de que se prudujera su modificación, luego restitución de la realidad física alterada es devolver la cosa a su situación original antes de su alteración. Ejemplo, en un terreno realizas una casa, las medidas necesarias para restituir la realidad física, sería demoler la casa y dejar el terrreno como se encontraba antes de construirla.

Supongo que se especifica " la realidad fisica o juridica alterada" con lo qual cabe la legalizacion de dicha alteracion, justificar el uso agricola en caso de rustico, proyecto etc.