La respuesta es que si te coinciden con una baja médica, no tienes derecho a disfrutarlos después, ya que deben disfrutarse inmediatamente después de los dos días de permiso por naciomiento de hijo. A menos que el Convenio Colectivo que sea de aplicación en tu empresa establezca otra cosa.
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Estoy con JM30. Sólo "perdería" los 2 (o más, según convenio) de permiso retribuido por nacimiento de hijo, pero los 13 (creo que siguen siendo 13) a cargo de la SS los podría disfrutar al alta, si ésta se produce antes de que terminen las 16 semanas de la madre.