Yo no me encontrado nunca con esta situación, pero me inclino a opinar que si que tiene derecho al complemento, aunque debería leer el redactado del convenio colectivo para saber si tiene derecho al 100% (cosa, que veo más improbrable)
No obstante, repásate la jusrisprudencia casuística haber que lo que te encuentras.
Un trabajador está de baja por efermedad pero no tiene derecho a prestación por i.t. Por haber iniciado recientemente la actividad laboral y no tener cotizados 180 dias. El convenio aplicable establece un complemento por i.t. A la empresa ¿tiene derecho el trabajador a dicho complemento a pesar de no devengarse prestación de la s.s.?. Es de tener en cuenta que en caso afirmativo el complemento seria del 100% del sueldo ya que no existe prestación a complementar.