Pues casi ninguna. Se acude en base a las funciones asignadas por ley (acuerdo Junta Seguridad, etc.) a cada cuerpo, demarcación territorial, competencial, etc. Usted puede acudir a uno u otro cuerpo indistintamente, y le tratarán igual de bien en ambos. También puede presentar la denuncia directamente en los juzgados de guardia. En conclusión, es indiferente pues el recorrido procesal que tendrá la denuncia será idéntico, es decir, se centraliza en los juzgados, donde por reparto se asigna a un juzgado de instrucción concreto o, también, en función de los criterios legales de competencia (territorial, etc.), irá al juzgado de instrucción de una localidad o al de otra. Saludos.