Hola Juan. Es que aportas pocos datos en el planteamiento de tu pregunta. Y claro, tu sabes los pormenores y los condicionantes que concurren, pero el compañero (o cualquiera que lo intente), no.
Por esta razón y tratando de ponerme en tu lugar (por lo que comentas, de seguir cobrando) quiero entender que se trata de un contrato temporal y que esa persona estando en situación de Incapacidad Temporal, la empresa al llegar una fecha decide extinguir el contrato, pero no como despido (que podría ser también, si existiesen causas graves), si no como denuncia de extinción por finalización del plazo acordado. Es decir, al vencimiento expresado en el contrato.
Bien si eso es así, te informo que llegado el término que las partes en el contrato establecieron, y no interesando la continuidad de la relación laboral, cualquiera de las mismas podría denunciar su extinción. Es decir, en este caso, la empresa está en todo el derecho de hacerlo.
Respecto a seguir cobrando, al darle la liquidación, le darán un certificado de empresa de los últimos 180 días para que solicite (en la Mutua o ante el INSS) el pago directo y cobrará el desempleo hasta agotarlo o hasta que le den de alta, si tiene derecho al mismo, y si no lo tiene, seguirá cobrando la incapacidad temporal hasta que le den de alta médica para el trabajo.
Bien creo que podría ser la contestación a lo que entiendo que solicitas. Si no resulta así, hazlo constar y comenta si se trata de un indefinido y si existe algún incumplimiento o no por parte del trabajador.