Hola:
Los conceptos extrasalariales no intervienen en las indemnizaciones ya que no constituyen salario propiamente dicho sino gastos como consecuencia del trabajo.
Sin embargo, en el finiquito extinguido el contrato de trabajo el empresario debe poner a disposición del trabajador la llamada liquidación o cálculo de los salarios pendientes y la parte proporcional de las pagas extras y de las vacaciones devengadas y no disfrutadas, y las cantidades ya devengadas y no percibidas por el trabajador durante la relación laboral que ahora se extingue.
En conclusión, el plus transporte interviene en los días que haya trabajado y que se le deban abonar en la liquidación pero no en el cálculo de la posible indemnización que en su caso le pueda corresponder.